Der AVM wird von drei Ebenen geführt.
Delegiertenversammlung
Die Delegiertenversammlung setzt sich aus den Delegierten der Verbandsgemeinden zusammen. Jede Gemeinde hat Anrecht auf einen Delegierten plus je einen Delegierten für jeden angefangenen 5 % Anteil an der Summe der Einwohner und Einwohnergleichwerte.
Betriebskommission
Die Betriebskommission besteht aus dem Verbandspräsidenten und dem Vizepräsidenten sowie je einem Vertreter der übrigen Verbandsgemeinden und einem Vertreter der Grosseinleiter.
| Präsident | |
| Andreas Balg | Stadtpräsident Arbon |
| Vize-Präsident | |
| Paul Bühler | Gemeindepräsident Mörschwil |
| Mitglieder | |
| Sandro Parissenti | Gemeindepräsident Berg |
| Gallus Hasler | Gemeindepräsident Roggwil |
| Roland Brändli | Gemeindepräsident Steinach |
| Stephan Tobler | Gemeindepräsident Neukirch-Egnach |
| Thomas Fehr | Gemeindepräsident Horn |
| Michael Götte | Gemeindepräsident Tübach |
| Markus Möhl | Vertreter Grosseinleiter |
| Verwaltung | |
| Roland Boller | Geschäftsführer |
| Mischa Vonlanthen | Rechnungsführer |
| Geschäftsprüfungskommission (GPK) | |
| Priska Lang | Gemeinderätin Egnach |
| Reto Schneider | Gemeindeschreiber Tübach |
| Stefan Fecker | Finanzverwalter Roggwil |