Der AVM wird von drei Ebenen geführt.
Delegiertenversammlung
Die Delegiertenversammlung setzt sich aus 30 von den Verbandsgemeinden delegierten Personen zusammen. Jede Verbandsgemeinde hat Anrecht auf mindestens einen Delegierten sowie auf weitere Delegierte in ihrem Verhältnisanteil an der Summe der angeschlossenen Einwohner und der gewichteten Einwohnergleichwerte der Gewerbe- und Industriebetriebe.
Betriebskommission
Die Betriebskommission besteht aus dem Verbandspräsidenten und dem Vizepräsidenten sowie je einem Vertreter der übrigen Verbandsgemeinden und einem Vertreter der Grosseinleiter.
| Präsident | |
| Gallus Hasler | Gemeindepräsident Roggwil |
| Vize-Präsident | |
| Dieter Feuerle | Stadtrat Arbon |
| Mitglieder | |
| Martina Wäger | Gemeindepräsidentin Mörschwil |
| Sandro Parissenti | Gemeindepräsident Berg |
| Michael Aebisegger | Gemeindepräsident Steinach |
| Stephan Tobler | Gemeindepräsident Neukirch-Egnach |
| Thomas Fehr | Gemeindepräsident Horn |
| Michael Götte | Gemeindepräsident Tübach |
| Kai Krawinkel | Vertreter Grosseinleiter |
| Verwaltung | |
| Roland Boller | Geschäftsführer |
| Stefan Fecker | Rechnungsführer |
| Geschäftsprüfungskommission (GPK) | |
| Priska Lang | Gemeinderätin Egnach |
| Marcel Helfenberger | Gemeindeschreiber Tübach |
| Pascal Büchler | Leiter Abteilung Finanzen, Stadt Arbon |