Der AVM wird von drei Ebenen geführt.
Delegiertenversammlung
Die Delegiertenversammlung setzt sich aus 30 von den Verbandsgemeinden delegierten Personen zusammen. Jede Verbandsgemeinde hat Anrecht auf mindestens einen Delegierten sowie auf weitere Delegierte in ihrem Verhältnisanteil an der Summe der angeschlossenen Einwohner und der gewichteten Einwohnergleichwerte der Gewerbe- und Industriebetriebe.
Betriebskommission
Die Betriebskommission besteht aus dem Verbandspräsidenten und dem Vizepräsidenten sowie je einem Vertreter der übrigen Verbandsgemeinden und einem Vertreter der Grosseinleiter.
| Präsident | |
| Dieter Feuerle | Vizestadtpräsident Arbon Ressort Bau/Umwelt |
| Vize-Präsident | |
| Michael Aebisegger | Gemeindepräsident Steinach |
| Mitglieder | |
| Peter Imthurn | Gemeindepräsident Berg |
| Emil Müller | Gemeindepräsident Egnach |
| Thierry Kurtzemann | Gemeindepräsident Horn |
| Martina Wäger | Gemeindepräsidentin Mörschwil |
| Urs Koller | Gemeindepräsident Roggwil |
| Michael Götte | Gemeindepräsident Tübach |
| Kai Krawinkel | Vertreter Grosseinleiter |
| Verwaltung | |
| Roland Boller | Geschäftsführer |
| Pascal Fäh | Betriebsingenieur |
| Maud Sikken | Leitung Finanzen |
| Geschäftsprüfungskommission (GPK) | |
| Pascal Büchler | Leiter Abteilung Finanzen, Stadt Arbon |
| Joshua Eberle | Leiter Finanzen Tübach |
| Reto Sproll | Gemeinderat Egnach |